결국 신학교의 규율과 제도에 심한 환멸을 느낀 강우는 신학교를 떠나게 되고 수현은 그런 강우를 보며 다시 한 번 마음이 흔들린다. 혼란 속에 학장신부에게 고민을 털어놓던 수현은 수도원 피정을 권유받고 신학교를 떠나 수도원으로 향한다.

막상 수도원 앞에서 망설이던 수현은 수아와의 관계를 정리하기 위해 그녀를 찾아간다. 수현을 용서하지 못하던 수아는 눈물을 보이는 수현을 보고 다시 한 번 그를 받아들인다. 수아와 하룻밤을 보낸 수현은 결국 수도원으로 들어가기로 결심한다. 수도원에서 수현은 문신부, 토마스 수사, 정수를 만난다. 문신부는 숨겨왔던 딸이 자신을찾아오지만 만나지 않고, 토마스 수사와 함께 수도원 개발을 막아내려 애쓰지만 쉽지 않다.

아직 수련자인 정수는 수녀원에서 일하는 필리핀 외국인 노동자 다니엘라와 남몰래 연애를 하고 있다. 이런 혼란 속에서 수현은 수아와 똑같이 닮은 헬레나 수녀를 만나 두려움을 느끼지만 그녀가 아프다는 소식을 듣고 그녀를 찾아가 진심으로 기도해준다.

한편 야외성소에서는 포도향 맛이 나는 물이 흘러나오는 기적이 일어난다. 결국 문신부와 토마스 수사는 분열하게 되고 토마스 수사는 자신의 신념을 지키기 위해 기적에 대한 증거를 교구측에 넘긴다.

정수는 다니엘라의 임신으로 혼란 속에 빠지지만 수녀원을 빠져나가려다 경찰에 붙잡힌 다니엘라를 구하기 위해그녀를 받아들인다. 정수의 변화를 지켜보던 문신부는 뒤늦게 딸을 찾아가지만 그녀는 이미 떠나고 없다.
수현은 헬레나 수녀로부터 과거에 숨겨왔던 진실을 듣게 되고 또 다시 혼란에 사로잡힌다.